Die Anfänge der heute etwa 150 Glieder zählenden Kirchengemeinde gehen zurück in das Jahr 1836. Einige Handwerker trafen sich an der Kahnbaustelle (heute Gubin/Polen) zu lutherischen Gottesdiensten.

1830 war in Preußen und den von Preußen besetzten Gebieten (1740 Besetzung Schlesiens durch König Friedrich II.) die kirchliche Union durch einen Erlass des Königs eingeführt worden. Das bedeutete, dass die beiden reformatorischen Kirchen, die evangelisch-lutherische Kirche und die evangelisch-reformierte Kirche trotz theologischer Differenzen zu einer Kirche vereint worden waren.

Seither gibt es in Deutschland die Evangelische Kirche der Union neben den evangelisch-lutherischen Landeskirchen. Sie bilden heute gemeinsam trotz historischer und theologischer Unterschiede die Evangelische Kirche in Deutschland (EKD).

Besonders in Schlesien formierte sich gegen diese staatlich verfügte Vereinigung kirchlicher Widerstand. Die sogenannte Evangelisch-Lutherische (altlutherische) Kirche - wie sie später offiziell hieß - war die historische Antwort nach einigen Jahren harten Kirchenkampfes.

Mit der Anerkennung durch den preußischen König Friedrich Wilhelm IV. 1845 waren die „Altlutheraner" offiziell zur ersten deutschen Freikirche geworden. Sie verstand sich dabei jedoch als die Ev.-lutherische Kirche in Preußen.

Die ev.-luth. Gemeinde in Guben gehört zu den Anfangsgemeinden der Ev.-Luth. (altluth.) Kirche und wurde zunächst von Freystadt (Schlesien) betreut. Seit 1872 hat die Gemeinde eigene Korporationsrechte. Ab 1878 ist hier ein Hilfsprediger im Einsatz. Von da an gibt es in Guben ein eigenes Pfarramt.

Prominentestes Gemeindeglied der Anfangsgeschichte ist der Gubener Hutfabrikant und Geheime Kommerzienrat Friedrich Wilke (1829 -1908) gewesen. Sein Vater, Carl Gottlob Wilke, gehörte zu den Gründervätern der Gubener Gemeinde. Sein Sohn Friedrich wurde später Sponsor für die bis heute sehenswerte und für das Stadtbild von Guben so typische Kirche Des Guten Hirten. Seiner Initiative verdanken wir auch das bis heute bestehende Naemi-Wilke-Stift, die größte diakonische Einrichtung der Selbständigen Evangelisch-Lutherischen Kirche (SELK).